SysRevAI, étape par étape

Premiers pas

SysRevAI est une plateforme qui s’installe sur le serveur de votre institution pour mener des revues systématiques et des scoping reviews avec l’aide de l’IA. Ce chapitre vous emmène de zéro jusqu’au logiciel téléchargé et à la licence en main.

Qu’est-ce que SysRevAI

Il couvre tout le déroulement d’une revue : protocole, importation et dédoublonnage des références, tri sur titre et résumé, texte intégral, extraction des données, risque de biais, synthèse GRADE et exportations (diagramme PRISMA 2020, Word, Excel, RIS). L’IA y joue le rôle d’assistante : elle priorise, suggère et résume, mais chaque décision est prise par une personne et enregistrée.

Les données ne quittent jamais votre serveur. Les appels à l’IA utilisent votre propre clé et peuvent être désactivés revue par revue.

Essayer sans installer

Pour voir comment cela fonctionne avant d’installer quoi que ce soit, créez un compte d’essai de 30 jours sur sysrevai.com/prova. Vous pouvez inviter jusqu’à 5 personnes et mener une vraie revue (jusqu’à 3 revues, 500 Mo de PDF et un petit budget d’IA par équipe). Le 20e jour, vous recevez un avis ; le 30e jour, le compte est bloqué et vous pouvez seulement exporter les données, puis il est supprimé 7 jours plus tard. Avant cela, exportez tout depuis Profil → Mes données et importez-le dans votre propre installation.

Ce qu’il vous faut

Le numéro de licence

Il a le format SRAI-XXXXX-XXXXX-XXXXX-XXXXX. Il est gratuit, identifie votre installation pour les mises à jour et est valable pour un domaine et jusqu’à 10 utilisateurs actifs. L’installateur le demande à l’étape 7 et il est obligatoire : il est toujours validé auprès de sysrevai.com et cette étape ne peut pas être ignorée.

Cela fonctionne aussi sans clé d’IA

Aucune clé d’IA n’est nécessaire pour installer ni pour mener une revue. Les fonctions assistées (propositions de tri et de résolution des conflits, priorisation, pré-extraction, résumés, discussion avec l’article) s’activent dès que vous ajoutez une clé d’API Claude dans Admin → Claude (IA). Voir le chapitre 3.

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Installation sur le serveur

L’assistant web fait tout le travail en neuf écrans. Pas besoin de ligne de commande : téléversez les fichiers, créez la base de données et suivez les étapes.

Téléverser les fichiers

1. Décompressez le paquet. Il contient un seul dossier, sysrevai/.
2. Téléversez-le en entier sur le serveur (SFTP, le gestionnaire de fichiers de l’hébergeur ou scp).
3. Faites pointer la racine du site (document root) vers sysrevai/public. Dans CloudPanel, Plesk ou cPanel, c’est une option du site ; dans Nginx ou Apache, une ligne dans le vhost.
4. Vérifiez que PHP peut écrire dans storage/ et public/uploads/.

L’assistant, étape par étape

Après l’installation

• La tâche cron est indispensable. Ajoutez une tâche cron qui exécute php /chemin/sysrevai/bin/worker.php chaque minute sous l’utilisateur du site web. Sans elle, pas de sauvegardes automatiques, ni de recherche et de téléchargement d’articles, ni de recherches programmées, ni de longs traitements d’IA, ni de vérification des mises à jour. L’installateur vous donne la ligne exacte à la fin et, tant qu’elle ne tourne pas, les administrateurs voient sur chaque page une barre orange avec un bouton « Comment configurer la tâche cron » qui mène à Admin → Maintenance → Tâches programmées (cron) : la ligne à copier, les étapes par SSH ou avec un panneau de contrôle (CloudPanel, Plesk, cPanel) et l’état. Une fois le cron en marche, la carte indique « En fonctionnement » et la barre disparaît.
• Installateur verrouillé. Une fois l’installation terminée, /install/ ne s’ouvre plus. Vous pouvez supprimer public/install/ si vous préférez.
• Sauvegardes. Dès que le cron tourne, la plateforme fait d’elle-même une sauvegarde complète toutes les 2 heures (chapitre 15).

* * * * * php /chemin/sysrevai/bin/worker.php >> /chemin/sysrevai/storage/logs/worker.log 2>&1

Problèmes fréquents

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Configuration initiale (Admin)

Une fois connecté, le panneau d’administration (menu supérieur → Paramètres) centralise tout ce qui concerne l’installation : IA, e-mail, utilisateurs, sécurité et valeurs par défaut des revues.

Ordre recommandé

Toutes les sections

Rôles sur la plateforme

• Propriétaire : tout. Il y en a toujours au moins un, et il ne peut pas se supprimer lui-même.
• Administrateur : paramètres et utilisateurs, mais il ne peut pas rétrograder le propriétaire.
• Utilisateur : crée des revues et y participe. Les permissions au sein de chaque revue sont fixées par son coordinateur (chapitre 11).

Pages légales

Admin → Pages légales génère la politique de confidentialité et les conditions d’utilisation à partir de modèles, avec le nom de l’institution, l’adresse e-mail de contact et la date. Relisez-les avant d’ouvrir les inscriptions : les utilisateurs les acceptent en créant leur compte.

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Créer une revue et le protocole

Une revue est l’espace de travail d’une équipe : le protocole, les références, les décisions et les exportations. Tout commence par la définition de la question.

Créer la revue

1. Sur le tableau de bord, cliquez sur Nouvelle revue.
2. Saisissez le titre, le type (systématique ou scoping review) et le cadre de la question : PICO pour les interventions ou PCC (population, concept, contexte) pour les scoping reviews.
3. Choisissez le mode de tri : relecteur unique, double aveugle, double aveugle avec troisième relecteur, ou pilote. Il peut être modifié plus tard tant qu’aucune décision n’a été prise.
4. Enregistrez. Vous pouvez maintenant inviter l’équipe (chapitre 11) ou poursuivre avec le protocole.

Le protocole

L’onglet Protocole regroupe la question, les critères d’inclusion et d’exclusion, les motifs d’exclusion utilisés pendant le tri, la stratégie de recherche par base de données et les notes méthodologiques. Les critères alimentent la mise en évidence des mots-clés pendant le tri.

Motifs d’exclusion

Définissez-les avant de commencer le tri : chaque exclusion au stade du texte intégral en exige un, et ce sont eux qui apparaissent dans le diagramme PRISMA. Les valeurs par défaut se modifient dans Admin → Revues.

Le tableau de bord de la revue

La page d’accueil de chaque revue affiche l’état de chaque étape (références, tri, texte intégral, extraction, risque de biais, exportations) avec des compteurs, qui a du travail en attente et l’activité récente. La barre des étapes en haut trace le parcours : chaque étape s’allume une fois terminée.

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Importer des références et doublons

Les références arrivent par fichier, par recherche directe ou en collant du texte. Le dédoublonnage ne conserve ensuite qu’un seul exemplaire de chaque étude.

Formats acceptés

Importer étape par étape

1. Dans la revue, allez dans Références → Importer.
2. Choisissez le format, téléversez le fichier (ou collez le texte) et indiquez la source (la base de données d’origine). C’est la source qui apparaît dans le diagramme PRISMA.
3. Vérifiez l’aperçu : chaque référence a une case à cocher et une coche verte lorsqu’elle a un DOI ou un PMID. Décochez ce que vous ne voulez pas.
4. Confirmez. Les références arrivent à l’étape du tri sur titre et résumé.

Recherche directe

Depuis Rechercher (menu supérieur), vous pouvez interroger PubMed, CrossRef, OpenAlex et Europe PMC en même temps, voir la pertinence de chaque résultat et les envoyer à la revue sans passer par un fichier. Les recherches peuvent être enregistrées et relancées (chapitre 14).

Dédoublonnage

Références → Doublons recherche les correspondances en trois passes : identifiants exacts (DOI, PMID), titre normalisé et similarité (Jaro-Winkler avec les auteurs et l’année). Chaque paire proposée est confirmée ou écartée ; la référence la plus riche en métadonnées est conservée et l’autre est marquée comme doublon, exclue du tri mais comptée dans PRISMA.

Étiquettes et recherche locale

Dans la liste des références, vous pouvez filtrer par étape, décision, source, étiquette ou texte, et appliquer des actions groupées (étiqueter, changer d’étape, exporter). Les étiquettes sont libres et servent à tout classement qui vous est propre : « douteux », « demander à la bibliothèque », « sous-étude A ».

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Tri sur titre et résumé

L’étape où l’équipe décide, référence par référence, ce qui passe au texte intégral. Deux relecteurs travaillent en aveugle, un troisième tranche les désaccords et l’IA peut suggérer un ordre de lecture.

L’écran de tri

À gauche, la référence (titre, auteurs, année, revue, résumé) avec les mots-clés du protocole mis en évidence. À droite, les critères d’inclusion et d’exclusion. En dessous, les boutons de décision. Les références arrivent dans l’ordre d’importation ou, si le coordinateur l’a activé, dans l’ordre proposé par l’IA.

Prendre une décision

1. Lisez le titre et le résumé.
2. Cliquez sur Inclure, Exclure ou Incertaine. Au clavier : I, E, M.
3. Si vous excluez, choisissez le motif (facultatif à cette étape ; obligatoire au stade du texte intégral).
4. Passez à la suivante avec →. Vous pouvez revenir en arrière et modifier une décision tant que l’étape est ouverte.

Liste des références en attente et marques

• Liste des références en attente : le bouton situé à côté de Précédente et Suivante ouvre les références qu’il vous reste à trier, dans l’ordre de la file, avec un filtre par titre, auteur ou année. Cliquez sur l’une d’elles pour l’ouvrir directement.
• Marquer : le bouton à côté du titre pose une marque sur la référence avec un motif (En attente du PDF, Voir avec l’équipe, À revoir plus tard ou Autre) et une note. Toute l’équipe la voit, et elle ne modifie ni aucune décision ni l’ordre de la file. « Modifier » la change et « Retirer la marque » la supprime.
• Marquées : dans la Liste des références en attente, le filtre « Marquées » n’affiche que vos références en attente marquées, avec le motif et la note. Le nombre sur le bouton indique combien vous en avez.

Modes et aveugle

Tant que l’étape est ouverte, aucun relecteur ne voit les décisions des autres. Le coordinateur, lui, les voit : la vue du coordinateur affiche l’avancement de chacun et les références en attente, et lui permet de répartir le travail.

Conflits et troisième relecteur

Lorsque deux relecteurs ne sont pas d’accord, la référence apparaît dans Conflits. La personne qui résout le conflit voit les deux décisions avec leurs motifs et commentaires, tranche et peut laisser une note de résolution. « Incertaine » contre « Inclure » n’est pas un conflit : la référence passe au texte intégral. Avec le bouton Proposition de l’IA, l’IA confronte l’article à chaque critère d’inclusion et d’exclusion du protocole et, dans la même carte, recommande d’inclure ou d’exclure avec un pourcentage de confiance, le motif et la raison pour laquelle, selon elle, les relecteurs ont divergé. « Copier dans la note » la reporte dans la note de résolution, et le journal d’activité conserve la proposition à côté de la décision finale.

Suggestions de l’IA

Pendant le tri, le bouton Suggérer avec l’IA ouvre dans la colonne d’évaluation la même analyse que pour la résolution des conflits : l’IA confronte l’article au protocole et propose d’inclure, d’exclure ou « incertaine ». Le coordinateur peut aussi demander une priorisation de toute la file (les références les plus probables passent en premier) et un tri automatique de celles qui obtiennent un score très bas, toujours avec un seuil de confiance et de manière révisable. Tout figure dans la déclaration d’utilisation de l’IA (chapitre 13).

• Recommandation : inclure, exclure ou incertaine.
• Confiance en pourcentage, avec une barre verte (élevée, à partir de 80 %), jaune (moyenne, à partir de 60 %) ou rouge (faible).
• Motif en deux à quatre phrases.
• Critères du protocole un par un : rempli, non rempli ou non renseigné, avec une brève note.
• Boutons « Copier dans la note » et « Générer à nouveau ». C’est toujours vous qui décidez.

Accord inter-relecteurs

Le panneau Équipe affiche le kappa de Cohen (deux relecteurs) ou le kappa de Fleiss (plus de deux), calculé sur les références que tous ont triées, et le nombre de références qu’il reste à chacun.

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Texte intégral

Les références incluses sont désormais lues en entier. SysRevAI tente de récupérer le PDF automatiquement et vous laisse décider avec le document sous les yeux.

Obtenir les PDF

Le module de récupération automatique interroge, dans l’ordre, des sources légales en libre accès : PubMed Central, Europe PMC, Unpaywall, OpenAlex, Semantic Scholar, bioRxiv/medRxiv, arXiv, CrossRef et DOAJ. Pour chaque source, il essaie toutes les copies ouvertes qu’il connaît (celle de l’éditeur et celles des dépôts) et, lorsqu’un lien mène à une page web au lieu du PDF, il suit le lien de cette page vers le document. Il n’utilise que des API officielles et ne contourne jamais un accès payant ni une vérification « Je ne suis pas un robot ». Le worker cron traite la file en arrière-plan. Les PDF de PubMed Central sont récupérés depuis le dépôt de données ouvertes de PMC (le canal officiel de la NLM pour les téléchargements automatisés), car les liens « PDF » des pages d’articles de PMC exigent une vérification du navigateur.

• Rechercher l’article complet : sur l’écran de tri sur texte intégral, lorsqu’un article n’a pas encore de texte, le bouton interroge immédiatement toutes les sources ouvertes. S’il trouve le texte mais pas de PDF, il affiche le texte dans une liseuse et continue à chercher un PDF. S’il trouve l’article mais que la source n’autorise pas le téléchargement automatique, il vous le dit (« Nous avons trouvé l’article sur…, mais il doit être téléchargé à la main ») avec le lien pour l’ouvrir. S’il ne trouve rien nulle part, il vous le dit, vous donne le lien vers l’éditeur (DOI) et vous demande de le téléverser.
• Articles de PubMed Central restreints par l’éditeur : certains articles peuvent être lus gratuitement sur PMC, mais l’éditeur ne permet à aucun programme d’en télécharger le texte ou le PDF. Dans ce cas, la plateforme vous l’explique : ouvrez le lien, cliquez sur « PDF », enregistrez le fichier et téléversez-le. Après le téléversement, vous restez sur la même référence.
• File : Texte intégral → File indique ce qui a été trouvé, ce qui manque et pourquoi.
• Téléversement manuel : pour les articles sans libre accès, téléversez le PDF dont vous disposez au titre de la licence de votre institution. Un par un ou par lot (un ZIP avec le DOI ou le PMID dans le nom de fichier).
• Couverture : Admin → Rapports indique la part de références disposant du texte intégral pour chaque revue.

Trier avec le document à côté

L’écran affiche le PDF à gauche (ou le texte extrait si le PDF n’a pas pu être ouvert) et les critères et boutons à droite. Ici, l’exclusion demande toujours un motif : c’est ce que compte PRISMA.

Pas de PDF

S’il n’y a aucun moyen d’obtenir le document, marquez la référence comme « non récupérable ». PRISMA la compte comme rapport non récupéré, séparément des exclusions par motif.

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Extraction des données

À partir des études incluses, l’équipe extrait les données à l’aide d’un modèle propre à la revue. L’extraction peut se faire en double et être comparée.

Concevoir le modèle

1. Extraction → Modèle. Ajoutez les champs dont vous avez besoin : texte, nombre, date, liste d’options, oui/non ou texte long.
2. Regroupez-les en sections (caractéristiques de l’étude, participants, intervention, critères de jugement).
3. Indiquez les champs obligatoires. Enregistrez. Le modèle peut être enrichi plus tard sans perte de données.

Extraire

Chaque étude incluse dispose d’un formulaire construit à partir du modèle. Le PDF (ou le résumé) est affiché à côté, pour vous éviter de changer de fenêtre. Enregistrez souvent : le formulaire garde vos modifications.

Pré-extraction par IA

Avec une clé d’IA, le bouton Remplir avec l’IA propose une valeur pour chaque champ vide à partir du texte intégral, avec le passage d’où elle provient. Vous vérifiez, corrigez et enregistrez. Les champs qui ont déjà une valeur ne sont pas modifiés.

Double extraction

Si deux relecteurs extraient la même étude, la vue Comparer place les deux formulaires côte à côte et signale les différences. Le coordinateur approuve la version définitive, qui est celle exportée.

Exporter les données

Depuis Exporter : CSV ou Excel avec une ligne par étude et une colonne par champ, et un CSV au format long (étude × champ × relecteur) prêt pour metafor, Stata ou RevMan Web.

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Risque de biais

Chaque étude incluse est évaluée avec l’outil adapté à son plan. Les jugements par domaine sont justifiés et exportés pour le tableau du rapport.

Outils disponibles

Évaluer une étude

1. Risque de biais → choisissez l’étude et l’outil.
2. Pour chaque domaine, répondez aux questions d’orientation, choisissez le jugement (faible, quelques inquiétudes, élevé) et rédigez la justification en citant le texte.
3. Le jugement global suit l’algorithme de l’outil ; vous pouvez le modifier en indiquant un motif.
4. Enregistrez. Un second relecteur peut faire sa propre évaluation et la comparer.

Exportation

Exporter → Risque de biais produit un CSV avec une ligne par étude, relecteur et outil, et une colonne par domaine avec le jugement et la justification. Utilisez-le pour le graphique en feux tricolores avec robvis ou directement dans le rapport.

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Synthèse, GRADE et exportations

Le travail aboutit à des documents : le diagramme PRISMA 2020, le tableau de synthèse des résultats avec GRADE, les tableaux d’études et la bibliographie des études incluses.

Diagramme PRISMA 2020

Il est généré à partir des compteurs de la revue : enregistrements par source, doublons supprimés, références triées, exclues, rapports non récupérés, exclusions au stade du texte intégral par motif et études incluses. Téléchargez-le au format SVG modifiable ; chaque case peut être fixée à la main s’il faut ajuster un décompte externe.

GRADE et synthèse des résultats

1. Exporter → GRADE. Définissez les critères de jugement (outcomes) de la revue.
2. Pour chaque critère de jugement, évaluez les cinq domaines (risque de biais, incohérence, caractère indirect des preuves, imprécision, biais de publication) et, le cas échéant, les facteurs qui augmentent le niveau de certitude.
3. La certitude finale (élevée, modérée, faible, très faible) est calculée et peut être justifiée.
4. Exportez le tableau de synthèse des résultats en CSV ou Word.

Toutes les exportations

Page publique

Depuis la revue, vous pouvez créer un lien public en lecture seule avec le protocole et la liste des études incluses, pratique pour l’annexe de l’article ou pour des collaborateurs externes. Il peut être révoqué à tout moment.

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Équipe, rôles et notifications

Chaque revue a sa propre équipe avec ses propres rôles. Les invitations arrivent par e-mail ou par lien, et la plateforme vous signale tout ce qui requiert votre attention.

Rôles au sein d’une revue

Inviter

1. Revue → Équipe → Inviter.
2. Saisissez l’adresse e-mail et le rôle. Si la personne a déjà un compte, elle rejoint directement la revue ; sinon, elle reçoit un lien pour en créer un.
3. Sans SMTP, créez un lien d’invitation et envoyez-le par le canal de votre choix. Il expire au bout de 7 jours.

Répartir le travail

Dans la vue du coordinateur du tri, vous pouvez attribuer des références à des relecteurs précis (par blocs, à parts égales ou à la main) et suivre l’avancement de chacun. Les références non attribuées peuvent être triées par n’importe quel relecteur.

Notifications

La cloche du menu supérieur signale les nouveaux conflits, les mentions dans les commentaires, les invitations et les tâches attribuées. Dans Profil → Notifications, vous choisissez celles que vous souhaitez recevoir aussi par e-mail et dans l’application mobile (chapitre 18).

Commentaires et mentions

Toute référence accepte des commentaires. Écrivez @nom pour alerter un collègue. Les commentaires apparaissent pendant le tri, lors de la résolution des conflits et dans la liste.

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Outils : recherche globale, citations, analyse d’articles

En dehors des revues, le menu Outils regroupe des utilitaires pour tout chercheur : interroger plusieurs bases de données, normaliser des bibliographies, vérifier des citations et travailler sur un article isolé.

Vérifier les citations avant de soumettre

La vérification des citations est particulièrement utile pour les bibliographies produites par des outils d’IA : elle détecte les références inexistantes, les DOI qui renvoient à un autre article et les années ou les auteurs qui ne correspondent pas. Collez la bibliographie, lancez la vérification et examinez les lignes en rouge.

Analyse d’articles et équipes

Chaque article analysé peut être partagé avec d’autres utilisateurs. Le rapport critique s’exporte en Word. Les conversations sont conservées avec l’article.

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Analyse d’articles

Un outil propre à SysRevAI, en dehors des revues : téléversez un article ou votre propre manuscrit et l’IA rédige un rapport critique, en discute avec vous en citant le texte et vous aide à améliorer la rédaction.

Il se trouve dans Outils → Articles. Chaque article est un projet distinct, avec son document, la conversation avec l’IA, le rapport critique, les documents associés et sa propre équipe. L’IA doit être activée (Admin → Claude).

Créer un projet

1. Outils → Articles → Téléverser un article.
2. Donnez-lui un titre et téléversez le document en PDF ou Word (.docx, .doc), jusqu’à 50 Mo. La plateforme en extrait le texte.
3. Si vous le souhaitez, ajoutez des articles ou des lignes directrices associés (par exemple la déclaration CONSORT ou une étude de référence) : l’IA les lit en parallèle de l’article principal.

Rapport critique

Cliquez sur Rapport critique et choisissez la langue (catalan, espagnol, anglais ou français). L’IA lit l’article comme un relecteur exigeant et renvoie :

• des scores de 0 à 100 sur cinq axes : méthodologie, clarté, nouveauté, preuves et traitement des limites ;
• un résumé exécutif ;
• l’avocat du diable : les objections les plus fortes qu’un relecteur soulèverait ;
• des recommandations concrètes pour chaque section.

Le rapport peut être régénéré et exporté en Word, seul ou avec la transcription de la conversation.

Discussion avec citations

Dans la discussion, posez n’importe quelle question sur l’article (« quelle est la taille de l’échantillon ? », « quelles limites les auteurs reconnaissent-ils ? »). Les réponses citent le texte de l’article et des documents associés, pour que vous puissiez les vérifier. La conversation est enregistrée avec le projet.

Aide à la rédaction de votre manuscrit

1. Ouvrez l’Éditeur collaboratif : le document s’ouvre dans un éditeur avec mise en forme, tableaux et images.
2. Sélectionnez un passage (ou rien, pour travailler sur tout le document) et demandez au Copilot ce dont vous avez besoin : « réécris ceci dans un ton plus formel », « clarifie cette phrase », « ajoute un tableau avec les résultats ».
3. Le Copilot propose la modification et vous l’acceptez ou la rejetez.
4. Enregistrez des versions nommées pour y revenir quand vous le souhaitez, et téléchargez le document en Word.

Travailler en équipe

Depuis Équipe, invitez des coauteurs par e-mail : s’ils ont déjà un compte, ils sont ajoutés ; sinon, ils reçoivent un lien d’invitation valable 7 jours. Tout le monde voit le document, le rapport et la conversation.

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L’IA : ce qu’elle fait, ce qu’elle coûte et comment la contrôler

SysRevAI utilise les modèles de langage Claude (Anthropic) avec votre propre clé. L’IA assiste ; elle ne décide pas. Voici ce qu’elle fait à chaque étape, comment l’activer et comment maîtriser son coût.

L’activer

1. Créez une clé d’API dans la console Anthropic.
2. Admin → Claude (IA) : collez la clé (stockée chiffrée), choisissez le modèle par défaut et un plafond de dépenses mensuel.
3. Activez ou désactivez chaque fonction : tri, extraction, résumés, discussion, protocole, citations, Copilot.
4. Au sein de chaque revue, le coordinateur peut désactiver complètement l’IA.

Ce qu’elle fait à chaque étape

Coûts et plafonds

Chaque appel est enregistré avec le modèle, les tokens et le coût estimé en euros. Dans la revue, l’onglet Utilisation de l’IA le détaille par fonction et par personne ; dans Admin → Claude (IA), vous fixez le plafond mensuel global et, lorsqu’il est atteint, les fonctions s’arrêtent sans affecter le reste de la plateforme.

La déclaration d’utilisation de l’IA

Chaque revue produit automatiquement une déclaration d’utilisation de l’IA : à quelles étapes l’IA a été utilisée, avec quels modèles et dans quel volume. Elle s’exporte en Word pour la section Méthodes de l’article, comme l’exigent de plus en plus de revues.

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Revues vivantes et API

Une revue vivante reste à jour : les recherches enregistrées sont relancées automatiquement et signalent les nouvelles références. L’API permet à d’autres outils de lire les données.

Recherches enregistrées

1. Lancez une recherche externe depuis la revue (Rechercher → Bases de données).
2. Cliquez sur Enregistrer la recherche : la requête, les filtres et les bases de données sont conservés.
3. Dans Revue → Recherches enregistrées, activez la relance automatique (hebdomadaire ou mensuelle).
4. Le worker la relance ; les nouvelles références arrivent marquées « nouvelles depuis la dernière recherche » et vous recevez une notification.

API en lecture seule

Dans Profil → API, vous pouvez créer un jeton personnel. Grâce à lui, d’autres programmes peuvent lire vos revues, vos références et le PRISMA au format JSON.

curl -H "Authorization: Bearer VOTRE_JETON" https://votre-installation/api/v1/reviews

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Mises à jour, sauvegardes et maintenance

Toute la maintenance se fait depuis le panneau : passer à la nouvelle version, créer et télécharger des sauvegardes, mettre le site en mode maintenance et surveiller le worker.

Mettre à jour

1. La plateforme vérifie d’elle-même toutes les 6 heures si une nouvelle version est disponible sur sysrevai.com. Si c’est le cas, les administrateurs voient en haut de chaque page une barre sombre (« Une nouvelle version de SysRevAI est disponible ») avec un bouton Mettre à jour maintenant. La barre ne peut pas être fermée et disparaît d’elle-même une fois la mise à jour faite.
2. Le bouton ouvre Admin → Maintenance avec la vérification déjà effectuée : la version disponible, les nouveautés et les contrôles préalables. Vous pouvez aussi y aller vous-même et cliquer sur « Rechercher des mises à jour ».
3. Si tous les contrôles sont au vert, cliquez sur « Mettre à jour maintenant ».
4. La plateforme active le mode maintenance, sauvegarde la base de données, télécharge le paquet avec votre licence, en vérifie l’intégrité, remplace le code (en conservant .env, storage/ et public/uploads/), applique les migrations et rouvre le site.
5. Si une migration échoue, le code précédent est restauré et la sauvegarde reste à portée de main. Chaque mise à jour est consignée avec son journal.

Sauvegardes

Admin → Maintenance → Sauvegardes complètes de la plateforme : toutes les 2 heures, le worker sauvegarde l’ensemble de la plateforme (base de données, PDF, protocoles, articles, identifiants, avatars et .env) et conserve les 24 plus récentes ; les plus anciennes sont supprimées automatiquement. Vous pouvez modifier la fréquence et le nombre de sauvegardes conservées, en créer une à la main et les télécharger. Pour en restaurer une, exécutez sur le serveur php bin/console.php backup:restore storage/backups/<fichier>.zip --yes (--with-env restaure aussi le .env). Téléchargez de temps en temps une copie hors du serveur.

Mode maintenance

Affiche une page d’avis à tout le monde sauf aux administrateurs. Utile pendant les migrations ou les changements de serveur.

Worker et tâches

Admin → Maintenance → Tâches programmées (cron) indique si le worker fonctionne et quand il s’est exécuté pour la dernière fois ; sinon, vous y trouvez la ligne cron exacte pour ce serveur et les étapes pour la configurer. Admin → Tâches en arrière-plan affiche la file des tâches (évaluations groupées par IA, recherches programmées, générations).

Où se trouve chaque chose

Exporter et importer des données (portabilité)

Chaque utilisateur peut télécharger tout ce qu’il a créé depuis Profil → Mes données : un fichier ZIP avec ses revues (protocole, références, décisions, conflits, extraction, risque de biais, GRADE, étiquettes, commentaires et journal d’utilisation de l’IA), les PDF et les articles. Le même fichier s’importe dans n’importe quelle autre installation depuis le même écran.

• Les revues importées appartiennent à la personne qui les importe ; les collaborateurs sont rapprochés par leur adresse e-mail et, s’ils n’ont pas de compte, sont créés désactivés (ils n’occupent pas de place tant qu’un administrateur ne les a pas activés).
• Une importation se fait en tout ou rien : si quelque chose échoue, rien n’est enregistré.
• Pour importer des fichiers volumineux, augmentez upload_max_filesize et post_max_size dans la configuration PHP du serveur.

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Assistance

Chaque compte d’essai et chaque installation, Community et Institution, dispose d’un système d’assistance intégré : vous demandez de l’aide à l’équipe SysRevAI par tickets, depuis la plateforme elle-même.

Qui peut l’utiliser

Les autres utilisateurs (relecteurs, membres invités) voient dans Assistance qui administre leur plateforme, afin de pouvoir contacter directement cette personne.

Ouvrir un ticket

1. Cliquez sur la pastille Assistance dans la barre supérieure, à côté de « Guide d’utilisation ».
2. Cliquez sur Nouveau ticket. Saisissez l’objet, choisissez le type (problème technique, licence et installation, suggestion ou autre) et la priorité, puis décrivez ce qui se passe, ce que vous attendiez et comment reproduire le problème.
3. Si nécessaire, joignez des fichiers : jusqu’à 5 par message (captures d’écran, PDF, documents Office ou LibreOffice, texte, journaux, CSV, RIS, BibTeX ou ZIP), 5 Mo chacun et 10 Mo au total.
4. Envoyez-le. Vous recevez un e-mail lorsque l’équipe SysRevAI répond.

Informations système

Chaque ticket transmet automatiquement les informations techniques de l’installation : version et édition, PHP et base de données, extensions manquantes, limites du serveur, nombre d’utilisateurs et de revues, état de la tâche cron et configuration ou non de l’e-mail et de l’IA. L’équipe d’assistance voit ainsi l’environnement sans avoir à le demander. Elles ne contiennent ni mots de passe, ni clés, ni données personnelles. Sur la page de nouveau ticket, elles sont repliées : dépliez-les avec la flèche de l’encadré « Informations système » si vous voulez les consulter.

Suivre le ticket

• Les réponses de SysRevAI apparaissent dans la conversation du ticket, avec les éventuels fichiers joints.
• La pastille Assistance indique en rouge combien de tickets ont une réponse que vous n’avez pas encore ouverte ; dans la liste, ils portent la mention « Nouvelle réponse ».
• Vous pouvez répondre, y compris avec des fichiers, autant de fois que nécessaire. Répondre à un ticket résolu ou fermé le rouvre.
• Quand vous n’en avez plus besoin, cliquez sur Fermer le ticket.

Édition Institution : installation sur vos serveurs

L’édition Institution comprend une aide pour installer SysRevAI sur les serveurs de votre organisme, en coordination avec votre service informatique. Pour la demander, écrivez-nous depuis la page Contact.

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L’application mobile

SysRevAI dispose d’une application pour iPhone, iPad et Android, sur téléphone et tablette. Triez des références, lisez le texte intégral, résolvez des conflits, échangez avec votre équipe et utilisez les outils, même sans connexion.

Une seule application sert pour tous les SysRevAI : les comptes d’essai sur sysrevai.com et l’installation propre à n’importe quelle institution. Vous vous connectez avec le même compte que sur le web, vous voyez les mêmes revues et vos décisions aboutissent sur le même serveur. Ce qui se fait mieux sur un grand écran (l’administration de la plateforme) reste sur le web, et l’application vous y renvoie quand c’est nécessaire.

L’installer

1. Sur un iPhone ou un iPad, recherchez « SysRevAI » dans l’App Store.
2. Sur un téléphone ou une tablette Android, recherchez-la dans Google Play.

La connecter à votre serveur

Ce que vous pouvez faire

• Accueil : ce qui vous attend dans chaque revue, et le bouton « Continuer le tri ».
• Tri sur titre et résumé et sur texte intégral, avec les termes du protocole mis en évidence, les motifs d’exclusion, des notes et la proposition de l’IA lorsque le serveur dispose de l’IA.
• Liste des articles : le bouton en haut de l’écran de tri affiche les articles restant à trier et ceux que vous avez déjà triés. Touchez-en un pour le trier, ou pour modifier votre décision.
• Texte intégral : le PDF avec les termes mis en évidence, la recherche (avec la loupe, qui indique le nombre de résultats) et le zoom, et les critères du protocole à côté. Lorsque l’IA a évalué l’article, chaque critère s’affiche comme rempli, non rempli ou incertain.
• Références : la liste de la revue avec des filtres (statut, texte, étiquette, source) et des actions sur les références cochées : les trier sur titre et résumé, les étiqueter ou les supprimer (le propriétaire uniquement). Également : importer un fichier depuis le téléphone (Fichiers, iCloud, Drive, une pièce jointe) ou du texte collé, avec aperçu ; rechercher de nouvelles références avec les filtres du protocole et enregistrer la recherche ; les recherches enregistrées ; et les doublons.
• La fiche de chaque référence (depuis la liste ou depuis le tri) : le texte intégral (ouvrir le PDF, en téléverser un depuis le téléphone, le remplacer, le supprimer ou interroger les dépôts ouverts immédiatement), les marques à chaque étape, ainsi que le résumé, l’évaluation critique et la discussion de l’IA. Dans Textes intégraux de la revue, la couverture et la file de recherche en arrière-plan. Dans les conflits, la proposition de résolution de l’IA.
• Gérer la revue : en créer une nouvelle (l’IA peut remplir le formulaire à partir du document du protocole, en PDF ou Word), modifier le protocole, l’équipe (inviter par e-mail, rôles, aveugle, qui résout les conflits), les paramètres (archiver, le lien public en lecture seule, supprimer une revue archivée) et la coordination de chaque étape : la lancer, répartir le travail et faire évaluer la file par l’IA en acceptant ses verdicts les plus sûrs. Chacun voit ce que son rôle lui permet, comme sur le web.
• Études incluses, conçues d’abord pour les tablettes, avec le PDF ou le résumé de l’étude à côté du formulaire : extraction des données (l’IA peut remplir votre brouillon ; le propriétaire modifie le modèle et approuve les extractions), risque de biais (RoB 2, ROBINS-I, Newcastle-Ottawa ou JBI, avec les feux tricolores, le graphique de synthèse et la proposition de l’IA par domaine) et GRADE avec le tableau de synthèse des résultats. Sur un téléphone, un sélecteur en haut permet de passer du formulaire à l’étude.
• Résultats et diffusion : le diagramme PRISMA (et l’éditeur pour fixer des cases à la main), tous les fichiers de l’onglet Exporter du web (téléchargés sur le téléphone, avec la feuille de partage), le formulaire d’enregistrement PROSPERO/OSF avec le brouillon de l’IA, et la déclaration d’utilisation de l’IA. Les commentaires peuvent être supprimés (les vôtres, ou tous si vous êtes propriétaire de la revue).
• Conflits, pour la personne qui les résout.
• Commentaires sur chaque référence et sur le tableau de bord de la revue. Taper @ suggère les membres de l’équipe, et la personne mentionnée reçoit une notification.
• Alertes de la plateforme et notifications push.
• Outils : les mêmes que sur le web (voir ci-dessous).
• Assistance, pour les administrateurs : questions à l’équipe SysRevAI, avec captures d’écran.

Travailler hors connexion

• L’application conserve sur le téléphone un lot de références de votre file. Avant un déplacement, touchez « Télécharger 200 références pour travailler hors connexion ».
• Chaque décision est enregistrée immédiatement et envoyée dès qu’une connexion est disponible ; le haut de l’écran indique combien sont en attente. Tant qu’elle n’a pas été envoyée, vous pouvez annuler la dernière.
• Si un autre relecteur a finalisé la référence pendant que vous étiez hors connexion, l’application vous signale que votre décision n’a pas été comptée : le serveur a toujours le dernier mot.
• Au stade du texte intégral, les PDF du lot (les 20 premiers) sont téléchargés avec lui et se lisent aussi hors connexion. Ceux qui sont déjà sur le téléphone portent la mention « Enregistré pour une lecture hors ligne ».
• Les commentaires, la proposition de l’IA et les outils nécessitent une connexion. Profil → Données hors connexion indique l’espace occupé par l’ensemble et permet de le vider.

Sur une tablette

• Sur un iPad et sur les tablettes Android, la navigation passe dans une barre latérale.
• Le tri s’affiche sur deux colonnes : le lot d’un côté et la référence de l’autre.
• Au stade du texte intégral, le PDF occupe un côté, et les critères, la proposition de l’IA, les notes et la décision l’autre.
• Avec un clavier connecté : I inclut, M marque comme incertaine et E exclut (comme sur le web) (ensuite, 1-9 choisit le motif et 0 aucun).
• Les outils affichent la liste et le détail ensemble. Avec l’application sur la moitié de l’écran (Split View ou fenêtres Android), elle revient à la disposition du téléphone sans perdre ce que vous faisiez.

Notifications

L’application vous prévient lorsque vous êtes invité à une revue, que des références vous sont attribuées, qu’il y a un conflit, que quelqu’un vous mentionne ou qu’un travail vous est renvoyé. Sur le web, la colonne « Application mobile » de Profil → Notifications détermine celles que vous recevez. Une notification ne contient qu’une phrase générique (« Vous avez un nouveau conflit à résoudre ») ; lorsque vous la touchez, l’application demande les détails à votre serveur. Les installations auto-hébergées envoient les notifications via sysrevai.com avec leur licence, mais sans titres, noms ni décisions.

Outils

• Vérifier des citations dans CrossRef, OpenAlex et Europe PMC (jusqu’à 15 à la fois) : collées, issues d’une revue, ou en numérisant une bibliographie imprimée avec l’appareil photo. Le texte est reconnu sur le téléphone lui-même, et vous le vérifiez avant de lancer la vérification.
• Normaliser des citations dans l’un des 8 styles, pour les copier, les partager ou les ajouter à une revue.
• Vos dernières vérifications et normalisations restent dans Récents, pour les rouvrir.
• Rechercher des références dans les bases de données externes, dans vos propres références ou à partir d’une question clinique, et ajouter celles que vous choisissez à une revue ; les doublons sont détectés.
• Analyse d’articles : téléversez un fichier PDF ou Word, générez le rapport critique, interrogez l’IA sur l’article ou améliorez un paragraphe de votre manuscrit. La normalisation, le rapport et la discussion nécessitent que l’IA soit configurée sur le serveur (chapitre 14).

Langue, sécurité et mises à jour

• Langue : l’application suit celle du téléphone, et vous la changez dans Profil → Langue. Elle propose toutes les langues de la plateforme, et une nouvelle langue apparaît sans mettre à jour l’application.
• Appareils : chaque téléphone a sa propre session. Sur le web, Profil → Application mobile liste vos appareils connectés et vous permet de déconnecter celui que vous avez perdu.
• Mode aveugle : il s’applique exactement comme sur le web. Dans une revue en aveugle, l’application ne reçoit pas les décisions du reste de l’équipe.
• Mises à jour : l’application se met à jour d’elle-même en arrière-plan et utilise la nouvelle version à la prochaine ouverture ; le profil affiche un avis pour la redémarrer tout de suite.
• Se déconnecter supprime du téléphone les lots et les PDF enregistrés. Les décisions pas encore envoyées sont perdues : faites-le donc avec une connexion.

Questions courantes

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Questions fréquentes

Des réponses courtes aux questions qu’on nous pose le plus souvent. Si la vôtre n’y figure pas, écrivez-nous.

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Bonnes pratiques

Des recommandations méthodologiques et organisationnelles qui, d’après notre expérience, rendent les revues plus rapides et plus solides.

Avant de commencer

• Finalisez le protocole et enregistrez-le (PROSPERO, OSF) avant d’importer les références. Changer de critères en plein tri oblige à revenir en arrière.
• Faites un pilote avec 50 références et toute l’équipe. Comparez les décisions, ajustez les critères, puis ouvrez l’étape pour de bon.
• Définissez les motifs d’exclusion avec l’équipe : peu nombreux, mutuellement exclusifs et classés du plus restrictif au moins restrictif.

Pendant le tri

• Des sessions courtes et régulières (30 à 45 minutes) préservent mieux la cohérence que les marathons.
• Examinez les conflits chaque semaine : les résoudre tôt permet de recalibrer l’équipe.
• Surveillez le kappa. En dessous de 0,6, arrêtez-vous et clarifiez les critères.
• Utilisez « Incertaine » à bon escient : c’est une réserve, pas un moyen de repousser la décision.

Avec l’IA

• Commencez par la priorisation ; le tri automatique uniquement pour les références au score très bas, et toujours avec un échantillon de vérification.
• Vérifiez toujours la pré-extraction au regard du passage cité.
• Incluez la déclaration d’utilisation de l’IA dans la section Méthodes de l’article.

Sécurité et données

• Vérification en deux étapes pour toute personne ayant un rôle d’administrateur.
• Vérifiez dans Admin → Maintenance que le cron indique « En fonctionnement » : sans lui, pas de sauvegardes automatiques. Téléchargez de temps en temps une sauvegarde complète hors du serveur.
• Mettez à jour dès qu’une nouvelle version sort : les mises à jour font une sauvegarde et reviennent en arrière si nécessaire.
• Ne téléversez pas de PDF que votre licence ne vous autorise pas à partager avec l’équipe.

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